Departemen Antropologi Universitas Indonesia (UI) didirikan pada awal Mei 1957 di bawah Fakultas Sastra atas prakarsa Prof. Dr. Koentjaraningrat, menjadikannya jurusan antropologi pertama di Indonesia.
Pada awalnya, jurusan ini hanya menawarkan Program Sarjana (S1). Sejak pendiriannya, Departemen Antropologi UI menjadi pusat pelatihan bagi dosen-dosen antropologi baru dan berperan penting dalam pendirian jurusan antropologi di berbagai universitas negeri di Indonesia, seperti Universitas Padjadjaran, Universitas Gadjah Mada, Universitas Sumatera Utara, Universitas Hasanuddin, Universitas Udayana, Universitas Sam Ratulangi, dan Universitas Cenderawasih.
Pada tahun 1981, Program Pascasarjana Antropologi didirikan oleh Prof. Dr. Koentjaraningrat dan Prof. Dr. Harsya W. Bachtiar, yang secara resmi dibuka pada tahun akademik 1981/1982.
Seiring perkembangan disiplin ilmu antropologi yang semakin mendekati ilmu-ilmu sosial, pada tahun 1983, jurusan ini dipindahkan dari Fakultas Sastra ke Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik (FISIP) UI.
Di tahun yang sama, didirikan Laboratorium Antropologi sebagai lembaga penelitian untuk pengembangan kajian antropologi di UI. Pada tahun 1989, majalah ilmiah “Berita Antropologi” yang diterbitkan sejak 1969, diubah menjadi “Jurnal Antropologi Indonesia” untuk mengakomodasi perkembangan disiplin ilmu antropologi di tanah air.
Departemen Antropologi UI terus berkembang dengan mendirikan Program Diploma Pariwisata pada tahun 1996 sebagai respons terhadap potensi perkembangan pariwisata di Indonesia.
Pada tahun 2000, seiring perubahan status UI menjadi Badan Hukum Milik Negara (BHMN), jurusan ini diubah namanya menjadi Departemen Antropologi yang membawahi Program Sarjana, Pascasarjana, dan Program Diploma Pariwisata. Laboratorium Antropologi juga diubah menjadi Pusat Kajian Antropologi yang mengelola perpustakaan departemen dan Jurnal Antropologi Indonesia.
Pada tahun 2008, Program D3 Pariwisata bergabung dengan Program Vokasi UI.
Saat ini, Departemen Antropologi UI membawahi Program Studi Sarjana, Pascasarjana, dan Pusat Kajian Antropologi, terus berkontribusi dalam pengembangan ilmu antropologi di Indonesia.